2020年，在新冠肺炎疫情背景下，为确保疫情防控、日常诊疗同步开展，各医院加大防控力度，运行成本增加，运营压力加大。但总体上三级公立医院仍经受住了考验。

在医疗服务方面，医疗服务数量整体减少，但疑难危重患者救治能力仍有提升。2020年，全国三级公立医院手术患者并发症发生率、I类切口手术部位感染率分别为0.56%和0.1%，均较2019年有所下降。2020年，三级公立医院门诊患者平均预约诊疗率达56.60%，较2019年提高9.34个百分点。在门诊患者平均预约诊疗率有较大幅度提高的情况下，门诊患者预约后平均等待时间仍稳定在22分钟。

其中，北京门诊患者预约诊疗率为82.94%，为全国最高，广东（76.58%）、福建（75.21%）、宁夏（71.62%）的平均预约诊疗率明显高于其他省份。

运营效率方面，2020年，全国20个省份医疗盈余为负，占比62.5%，较2019年增加56.25个百分点；753家三级公立医院医疗盈余为负，占比43.5%，较2019年增加25.89个百分点。全国三级公立医院医疗盈余率为-0.6%，较2019年下降3.6个百分点；医院资产负债率为44.09%，与2019年基本持平。