高职本科贯通人才培养项目是学校与福建医科大学合作，2021年首创的人才培养模式，贯通培养本科应用型人才。两校发挥各自的师资队伍与实训实习条件等办学优势，采取高职本科贯通的模式共同培养临床医学（全科医学方向）和医学检验技术及医学影像技术人才，学制分别为“3+3”年和“3+2”年。

学生在高职（专科）学习期间须参加福建医科大学组织的中期转段学业考核，学业考核标准以《高职本科转段选拔考试方案》为准。学业考核合格并完成高职阶段学业且达到毕业标准的，可取得福建卫生职业技术学院颁发的三年制专科毕业证书并进入福建医科大学本科阶段学习；本科阶段达到毕业条件者由福建医科大学颁发专科起点本科三年制（或二年制）毕业证书，符合学位授予标准者可获得医学（临床医学专业）或理学（医学检验技术专业、医学影像技术专业）学士学位。中期转段学业考核不合格的学生在完成高职阶段学业且达到毕业标准的，可取得由福建卫生职业技术学院颁发的三年制专科毕业证书。（福建卫生职业技术学院学生工作部）