作为医疗机构，医疗质量是爱尔眼科的生命线。建院伊始，福州爱尔眼科医院就设立了8大亚专科，即视光科、斜视及小儿眼病科、屈光科、眼底病科、白内障科、青光眼科、泪道眼眶眼整形科及角膜眼表科，这些亚专科让每位医生都能极尽所长，让每位患者都能得到更精准的治疗。

其中，泪道眼眶眼整形科经过3年的发展，已打造成医院特色专科，让疑难眼眶、眼肿瘤等患者不出省即可得到有效的救治。眼底病科更是会聚了4位博士，并实现了福州眼科领域新技术新突破，成功开展“纳米微针视网膜中央动脉穿刺注射治疗视网膜中央动脉阻塞”，开展视网膜下精微针注射治疗各种疑难眼底病系列临床研究。

每个亚专科除了配备经验丰富的科室带头人及优秀的医护团队外，更有强大的黑科技设备——智能云夹监测用眼情况，角膜生物力学分析仪牢守近视手术安全防线，LipiFlow治疗干眼症，飞秒激光治疗白内障……

为了进一步推动患方精准就医，医方精准诊疗，在8大亚专科的基础上，又陆续精分开设了5大专科门诊——青少年近视防控门诊、老花白内障门诊、糖尿病眼病专科门诊、高度近视专家门诊、干眼诊疗门诊，有效节约患者就医成本和时间。