新冠肺炎疫情暴发以来，晋江市第二医院充分发挥卫生单位疫情防控主力军作用。在当地筑起常态化疫情防控防线。

早在2021年3月初，为了满足晋江当地群众新冠疫苗接种需求，晋江市第二医院将晋江安海镇文化中心改造成当地最大的方舱接种点，该方舱接种点日接种新冠疫苗数量达3000多人次，大大提高当地接种服务效率。

除了建设临时接种方舱外，晋江市第二医院还组建两支疫苗流动接种队伍，深入晋江当地学校、企业、村部开展新冠疫苗接种工作。

截至2021年12月27日，医院完成疫苗接种任务数为：方舱点182770针次，移动队390073针次，合计572843针次，疫苗接种数居全市三家医共体总院首位。

2021年7月初，针对小型医疗机构存在的疫情态势不敏感、思想麻痹不重视、医疗环境不整洁、设施设备不齐全以及哨点作用不凸显等问题，晋江市第二医院完成医共体内第一家小型医疗机构疫情防控标准一体化建设，此举在福建省内尚属首创。

晋江市第二医院院长龚飞群说，目前，国外疫情形势依旧严峻，外防输入、内防反弹的警钟长鸣。医院会坚定站在疫情防控第一线，真正筑牢常态化疫情防控的社会大防线，在这场“疫考”中交出一份让人民群众满意的答卷。