北京中医药大学东直门医院厦门医院（厦门市中医院）国家区域医疗中心以厦门市中医院为依托医院、北京中医药大学东直门医院为输出医院，由福建省政府、厦门市政府同北京中医药大学东直门医院合作共建，是福建省委省政府、厦门市委市政府立足省市医疗卫生整体布局、更好地发挥中医药在优质高效医疗卫生服务体系的重大民生工程。该项目将通过北京中医药大学东直门医院技术、管理、品牌“三平移”，打造立足福建，辐射台湾地区、东南亚国家的国内一流、国际知名的以中医为特色的高水平区域医疗中心，对更好满足群众就近享有高质量中医诊疗服务需求、推动福建中医药事业传承创新发展具有重要促进作用。

厦门市中医院是一家有着66年发展历史、底蕴深厚的老牌三级甲等中医院，开放床位1250张，年均门诊量超220万人次，是福建省规模体量最大的中医院，在已公布的国家三级公立中医医院绩效考核排名中居福建省首位，艾力彼“中国中医医院百强排行榜”第41位，是国家中医特色重点医院。2021年6月，在国家中医药管理局和北京中医药大学大力支持下，该院正式启动申报以中医为特色的国家区域医疗中心。

厦门市委、市政府高度重视国家区域医疗中心项目创建，将其作为倾力建设高水平健康之城的重要抓手，在2017年即同北京中医药大学进行深度市校共建的基础上，经同北京中医药大学东直门医院多次商谈，2021年7月双方签署合作共建国家区域医疗中心框架协议。2022年1月国家区域医疗中心创建的重要基建支撑项目——厦门市中医院二期康复楼工程获批立项，同期省政府同北京中医药大学东直门医院签署合作共建协议。整个创建申报历时近1年，北京中医药大学东直门医院厦门医院（厦门市中医院）最终从59家申报单位中脱颖而出，成为福建省国家中医区域医疗中心，也是福建省唯一入选第三批国家区域医疗中心的医疗机构。