2021年6月，国家发改委、国家卫健委、国家中医药管理局联合下发《关于第二批区域医疗中心试点项目有关事项的通知》，厦门市儿童医院正式获批国家儿童区域医疗中心试点项目。2021年9月，福建省政府和复旦大学附属儿科医院签署合作共建国家儿童区域医疗中心协议。医院不断发挥区域医疗中心作用，牵头建设闽西南儿科医联体，并与总院实现信息互联互通全覆盖，利用远程医学平台共享优质资源，开放复旦大学附属儿科医院疑难罕见病远程门诊，区域医疗中心建设进入快车道。

8年来，医院累计提供360余万人次门急诊服务和逾10万人次住院服务；手术突破2.7万台，单日突破100台。服务儿童近50%来自周边地市，其中14%来自省外。新生儿医学中心、儿童重症医学中心开通24小时院前转运，已接受厦门市及周边地区47家医院（包括三甲医院）转诊危重症患儿万余名，转运成功率100%。

医院对标一流，屡屡刷新救治纪录，填补了本地区儿科领域多项技术空白，其中早产儿救治、先天性结构畸形微创手术达到国内一流水平，是厦门市新生儿危重症救治临床重点专科，早产儿优势亚专科验收等级优秀，曾成功救治23+4周、470克超早产儿。该院已成功开展4例ECMO危重患儿救治，填补厦门空白，并应用ECMO+CRRT救治一例胎龄34周、体重2.3千克的严重肺高压早产儿，填补省内空白；开展各项复杂先心手术共57例，患儿最低体重2.5千克、最低年龄仅出生19小时，并建成先心筛查、诊断、治疗及随访一体化体系；开展大脑半球离断术，成功救治6个月大体重仅7千克的癫痫患儿；开展腹腔镜下全脾切除术、胃镜下食管气管瘘夹闭术、面部外伤或肿物切除术、美容缝合整形、胸腔镜下肺囊性病灶解剖性切除术等高难度手术。