18年的深度合作，促进了医教研融合发展。目前，医院已拥有863计划、973计划、国家重点研发计划、国家自然科学基金、博士后科学基金、外国专家引智项目等。自2006年以来承担国家级课题25项，省部级课题57项，厅局级课题177项；共发表核心期刊论文305篇，其中SCI论文 270篇；出版专著34部，主持/参与指南及专家共识42篇。荣获省级科技进步奖12项，市级科技进步奖7项，以及其他社会力量奖。

在教学上，厦门眼科中心承担了厦门大学本科专业必修课程《眼科学》和研究生《眼科学新进展》的授课任务。对于临床医学专业本科教育（英文授课）来华留学生（MBBS学生），单独设有《Ophthalmology》全英文课程，同时负责他们的见习带教工作。2024年初，首位来自巴基斯坦的博士Rizwan khan被厦门大学及厦门眼科中心联合录用为博士后研究人员，进站后两个月顺利开题，为医教研一体化发展注入了强劲动力。

作为福建省第一批被纳入国家住院医师规范化培训基地的单位，厦门眼科中心打造了标准化的技能训练中心，让每一位学生都学好“显微手术技能培训”这一节课。