厦门眼科中心在国家临床重点专科平台的基础上深化亚专科建设，逐步建立了完备的学科体系，共设立了白内障·老花眼，眼底病（玻璃体、视网膜），屈光，青光眼，斜视与小儿眼病，眼表与角膜病，眼外伤，泪道、眼眶病及眼整形八大亚专科，各科室均衡布局人才结构，迄今已引进和培养医师240人，其中74人获得副高及以上职称。

2010年，厦门眼科中心获批建立博士后科研工作站；2015年引进眼科界唯一的工程院院士谢立信教授，建立院士工作站，并于2016年获评福建省院士示范站；2018年以来，陆续获批厦门市眼表与角膜疾病重点实验室、福建省眼表与角膜病重点实验室、厦门市眼部疾病临床医学研究中心、厦门市眼部疾病重点实验室、药物（器械）临床试验机构。

自2006年以来，厦门眼科中心主办国家级学术会议53场，省级、市级学术会议共36场；2015年开始连续十届举办华厦眼科国际论坛，使其成为颇具影响力的国际学术平台；与英国利物浦大学建立了长期友好合作关系，探寻优化糖尿病视网膜病变等眼底疾病筛查与AI技术的整合应用。