近年来，厦门市第五医院以创新管理为抓手，构建了一套科学、高效、智慧的现代化治理体系。医院自主研发的“All-In-One全流程管理平台”，构成了医院管理的“最强大脑”；建设了智能BI决策系统，实现了临床会诊、危急值等300余项信息化闭环管理；建设了智能服务体系、互联网医院、AI五院、RBRVS绩效评价体系（以资源为基础的相对价值量表）等，为医院的发展提供了强有力的保障。

2019年获得“中国医院竞争力五星级医院”“智慧医院HIC六级”等认证；2022年，医学检验科通过ISO15189国际标准认证，其检验结果在全球得到互认……医院连续6年跻身中国医院竞争力“省单医院100强”和“智慧医院HIC100强”，并荣获全国“管理创新医院”等多个国家级荣誉。2023年，与北大肿瘤医院等国内知名医院一起获评全国“健康中国 医者先行”样板医院。这些荣誉，是医院管理水平最有力的印证。