中医需要与时俱进，需要与现代科学技术有机结合。多年的教学经验，再结合临床案例，李灿东整合出了一整套的理论基础。

在长期的临床实践中，李灿东深刻认识到中医的灵魂在于临床思维，他结合临床案例系统地论述了中医误诊的分类、原因、思维偏差以及误诊的防范措施，编著了我国第一部《中医误诊学》专著，成为“新世纪中医药院校创新教材”。

21世纪的医学从“疾病医学”转向“健康医学”模式。李灿东提出“状态是健康认知的逻辑起点”，将传统中医诊断对疾病状态的判断拓展到对生命全过程健康状态的把握，创立了中医状态医学理论体系，出版了第一部《中医状态学》专著。

在“治未病”理念的指导下，李灿东和团队研发了第一张真正的中医状态辨识核心技术的芯片——“杏林仁芯”，出版了《中医健康管理学》一书，成为中医健康管理的奠基之作。

此外，李灿东团队发展中医现代化，研发出集中医学、人工智能、大数据、计算机技术为一体的中医高端智能诊疗设备——太空舱，整体、动态、个性化地评估个人健康状态，给予调理干预方案，并对干预效果进行疗效评价。

2018年，为培养满足社会多样化需求、适应健康模式转变以及大健康产业发展需要，福建中医药大学还开设了健康服务与管理学。

不管如何创新，李灿东总不忘中医的根。他对学生们总是反复强调，中医的精髓在于中医思维，一定要用中医的思维去诊病治病。他非常反对把中、西医对立起来，或过度夸大某一方面的作用，实事求是，各自互补互利，用最小的资源投入（或者代价）实现最好的疗效和健康效益的最大化，才是造福百姓。