1896年，毕业于英国剑桥大学的雷腾博士受派遣来到莆田，租赁城北坑边大夫祠开设诊所，点亮闽中第一盏西医灯火。此后，双凤医学校创办、兴化圣教医院落成、产科看护学校兴办，医学教育与诊疗技术在这片土地落地生根，1915年附设的看护学校更培养出大批护理助产人才。

1903年，英籍医师施行剖腹手术，开创普通外科；1927年，余文光博士在福建率先变革毕氏Ⅱ式胃十二指肠溃疡手术，其术式至今流传；1950年，陈泽深博士在国内外首报以链霉素治疗鼠疫，引起医学界广泛关注。在战乱与疫病考验中，医院救民水火、始终坚守，至解放前夕已与福州协和、泉州慧世并称福建省三大医院。

新中国成立后，医院迎来新生。1953年由人民政府接管更名莆田医院，并成立党支部、团支部，床位增至200张。2003年医院成建制划归莆田学院，升格更名为莆田学院附属医院；2010年晋级三级甲等综合医院；2012年组建医疗集团；2021年获批福建省首批省级区域医疗中心建设医院。

历经百卅风雨迭代革新，现已发展成为集医疗、教学、科研、急救、预防、康复、保健于一体的三级甲等综合医院。目前医院占地总面积210亩，总建筑面积21万平方米，开放床位2300张。设置临床科室56个、医技科室18个、病区52个，开设专科专病门诊35个。2025年度诊疗总量突破212万人次，出院患者10.5万人次，完成手术3.6万台次。2022—2024年，医院连续3年斩获全国三级公立医院绩效考核A级，跻身全国前20%医院方阵。